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Le monastère bénédictin de Lagrasse - Sainte Marie d'Orbieu - est fondé au VIIIe siècle par Nimphridius (ou Nébridius), ami de Benoît d'Aniane et archevêque de Narbonne. Charlemagne lui octroie une charte de protection en 779. Le monastère appartient à l'abbaye St Victor de Marseille jusqu'en 1070. En 1125, il est pris en main par Bérenger, frère du comte de Barcelone et devient une abbaye autonome, qui acquiert une grande influence dans la région.

Durant la croisade contre les cathares, l'abbé de Lagrasse joue le rôle d'intermédiaire entre les deux parties et obtient la soumission de Carcassonne au roi.
L'abbé Auger de Gogeinx (1279-1309) reconstruit l'église et édifie le cloître. Il tente également de restaurer l'esprit bénédictin, effrité par le succès de l'abbaye.
Le prestige de l'abbaye commence ensuite à décroître. Elle est affectée par l'épidémie de peste noire. En 1361, l'église est fortifiée pour parer les menaces de guerre. Au début du XVIe siècle, le bras sud du transept est doté d'une énorme tour par Levis de Mirepoix.

Comme tous les monastères, Lagrasse finit par sous le régime de la commende en 1502. Un relâchement des moeurs se fait sentir jusqu'à l'arrivée de la congrégation de Saint Maur en 1662. La restauration morale s'accompagne de travaux architecturaux. Un palais abbatial, doté d'une cour et d'une avant-cour est construit par Armand Bazin de Bezons, évêque de Carcassonne et avant-dernier abbé. En 1760, ce dernier transforme également le cloître gothique de 1280.

En 1796, l'abbaye est vendue en deux lots (division qui subsiste) et les 14 moines restants sont chassés. Les bâtiments qui entouraient le cloître ont été détruits, à l'exception du dortoir et du logis abbatial.
Aux XIXe et XXe siècles, plusieurs communautés se sont succédées dans l'une des deux parties, qui appartient aujourd'hui à un propriétaire privé. L'autre partie est actuellement louée par la commune de Lagrasse. Néanmoins, les deux parties sont visitables.