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L'abbaye, fondée vers le VIII ème siècle adopta très vite la règle bénédictine, ses possessions ne cessèrent de s'accroître jusqu'à la fin du XII ème siècle. A cette époque s'élève l'église abbatiale romane Notre-dame, que jouxte au nord un cloître avec sa grande salle capitulaire et les divers bâtiments conventuels. La ville et l'abbaye sont entourées de muraille et de fossés. Mais peu après 1197, des problèmes de succession de l'abbé aggravés par la croisade contre les albigeois vont mettre fin à la prospérité de l'abbaye. Cependant, en 1318, Alet devient le siège d'un nouvel évêché, créé pour abattre définitivement le catharisme dans ces lieux fortement touchés par l'hérésie. C'est alors pour l'abbaye une renaissance. Les guerres de religion font rage en ces lieux et les huguenots s'emparent par deux fois de la ville et de l'abbaye, qu'ils saccagent et incendient, ainsi que le palais épiscopal. Le calme revenu, les évêques s'installent au proche château de Couranel, puis après quelques travaux, ils peuvent à nouveau loger dans l'abbaye. Une nouvelle cathédrale, Saint-Benoît, est aménagée dans les bâtiments conventuels, au nord-est de l'église. Le XVII ème verra des transformations portant sur la ville : édification d'un nouveau pont et ouverture d'une nouvelle route qui entraîne la destruction d'une grande partie du chevet gothique. A la révolution, les deux cathédrales sont vendues, l'abbaye tombe dans l'oubli et ne sera restaurée qu'à partir de la fin du XIX ème siècle